Podle https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins# zpracovala: MVDr. Veronika Grymová
Virus SARS-CoV-2 byl poprvé sekvenován v lednu 2020 a od té doby vědci veřejně sdílejí stále rostoucí počet úplných sekvencí viru získaných od pacientů. Tato data jsou využívána k intenzivnímu studiu pro pochopení původu viru a jeho příbuznosti s ostatními koronaviry. Zároveň přinášejí pohled na to, jak virus vypadá a jak se mění, a mohou posloužit i k predikcím, jak by se dal zastavit.
Tříděním informací o genomu viru se zabývá Trevor Bedford, specialista na bioinformatiku na Washingtonské univerzitě a Středisku pro výzkum rakoviny Freda Hutchinsona. Z genomu viru lze podle něj usoudit, že zůstává nejasné, zda virus přeskočil n člověka přímo na trhu se zvířaty ve Wu-chanu, sekvenování viru spolu s odběrem vzorků na přítomnost viru přímo na místě však dokazuje, že hrál velmi důležitou roli v prvotním rozšíření nákazy. Virové sekvence také hovoří proti jedné z konspiračních teorií, že virus uniknul z virologické laboratoře ve Wu-chanu.
SARS-CoV-2 má téměř 29 000 nukleotidových bází a vykazuje nejužší příbuznost s koronaviry netopýrů. Podle týmu vedeného specialistou na koronaviry Ši Čeng-li z virologického institutu ve Wu-chanu je sekvence viru SARS-CoV-2 podobná viru netopýra z 96,2 %. Viru SARS, jehož ohnisko bylo před 15 lety rovněž v Číně, je podobný ze 79,5 %. Koronavirus SARS má však k netopýřím virům podobně blízký vztah a data z jeho sekvenování vypovídají o tom, že na lidi přeskočil přes cibetky, jejichž koronavirus se liší od lidského v pouhých 10 nukleotidech. To je jeden z důvodů, proč má mnoho vědců podezření, že mezi netopýřím koronavirem a SARS-CoV-2 existuje jeden nebo dokonce ještě více zprostředkujících mezihostitelů.
Podle Bedfordovy analýzy se sekvence koronaviru netopýrů, nazývaného RaTG13, liší od SARS-CoV-2 o téměž 1100 nukleotidů. Bedfordovy analýzy virů RaTG13 a SARS-CoV-2 naznačují, že oba viry sdílely společného předka před 25-65 lety.
Na stránce nextstrain.org lze nalézt interaktivní rodokmen koronavirů, zahrnující koronaviry netopýrů, cibetek, luskounů, SARS a SARS-CoV-2 (Covid-19).
Rodokmen v interaktivní podobě umožňující podrobněji se seznámit s genetickým profilem jednotlivých izolátů naleznete zde: https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov?c=host
Respirační syndrom Středního výchou (MERS) rovněž souvisí s koronaviry netopýrů. Studie však vytvořily přesvědčivý důkaz, že na lidi přeskočil z velbloudů. Jiný fylogenetický strom (na obrázku níže) znázorňuje spojení velbloudů a MERS (modrá šipka, červeně jsou znázorněny současně aktuální kmeny SARS-CoV-2 a jejich netopýří nejbližší příbuzný RaTG13).
Výzkum viru SARS-CoV-2 stále pokračuje. Ačkoli stopy po původu viru míří jasně na zvířecí trh ve Wu-chanu, existují nepřehlédnutelné signály, že k počátečnímu přeskoku na lidi došlo jinde. Je více různých vysvětlení pro zmatek v tom, kde došlo k prvnímu infikování člověka: skupina infikovaných zvířat mohla být prodávána na různých trzích, nebo infikovaný obchodník přenášel virus na různé trhy a různé lidi. Nebo mohly být tyto rané případy infekcí virem, který se ještě tak snadno nepřenášel. Vědci se shodují v tom, že by bylo velmi užitečné mít jednu nebo dvě sekvence přímo z trhu (vzorkování prostředí), které by mohly objasnit, kolik zoonotických přeskoků se odehrálo a kdy k nim došlo.
Postupně se vynořují různé teorie adaptace viru na člověka, z nichž některé jsou později zavrhovány. Například v Journal of Medical Virology byla publikována práce týmu vedeného Wej Ji z Pekingské univerzity, která tvrdila, že nejpravděpodobnějším rezervoárem SARS-CoV-2 v přírodě jsou hadi. Tato teorie byla ale podrobena značné kritice a dnes se už o ní vážně neuvažuje. Samostatnou kapitolou jsou pak různé více či méně bizarní konspirační teorie o umělém původu viru.
Na margo takových úvah si povzdechl nákazový ekolog Peter Daszak z EcoHealth Alliance: „Pokaždé, když se u lidí vyskytne nový virus, objeví se stejný příběh: určitě je to nechtěný únik z laboratoře nebo záměrné rozšíření pozměněného nebo uměle vytvořeného viru. Je to hanba. Vypadá to, že lidé prostě nedokážou odolat pokušení vzrušení z kontroverzí a mýtů, přestože pravdě hledí přímo do tváře. V přírodě existuje neuvěřitelná rozmanitost virů a my jen škrábeme po jejím povrchu. Je jen přirozené, že v takovém množství se najdou takové viry, které jsou schopny infikovat člověka, a některé z nich dokážou i vyvolat onemocnění.“
